Das FFH-Gebiet „Elbe zwischen Geesthacht und Hamburg“ liegt im Naturraum Stader Elbmarschen und umfasst den niedersächsischen Teil der Elbe zwischen dem Wehr in Geesthacht und der Stadtgrenze Hamburgs sowie angrenzende Uferbereiche. Die Elbe wird auf dieser Strecke von den fruchtbaren und daher großflächig landwirtschaftlich geprägten Landschaften der Vierlande und den Marschlanden rechterseits und den Winsener Elbmarschen linkerseits begleitet. Mit der Ilmenau (hier als FFH-Gebiet 212 „Gewässersystem der Luhe und unteren Neetze“ ausgewiesen) und der Seeve (FFH-Gebiet 041 „Seeve“) nimmt sie zwei größere Nebenflüsse auf, die ebenso wie die Elbe selbst von großer Bedeutung als Habitat und Wanderkorridor anadromer, also zum Laichen vom Meer in die Binnengewässer wandernder Fischarten und Neunaugen sind. So kommen im Gebiet unter anderem die streng geschützten Arten Finte, Fluss- und Meerneunauge sowie der Lachs vor. Auch der Rapfen ist in diesem Bereich der Unterelbe zu finden. Bis zum Stauwehr Geesthacht ist die Unterelbe von den Gezeiten beeinflusst, wodurch der Pegel des Flusses, wesentlich verstärkt durch die Elbvertiefung, periodisch ansteigt und absinkt. Das hierdurch entwickelte, süßwasserbeeinflusste Flusswatt ist vorwiegend vegetationsfrei oder von Röhricht bestanden. Vereinzelte Hochstaudenfluren und vor allem kleine Weiden-Auenwälder, Fragmente der früher ausgedehnten Weichholzaue, strukturieren die außendeichs gelegenen Flächen. Teilweise entspricht das Grünland vor und am Deich dem Lebensraumtyp der mageren Flachland-Mähwiesen.
